El Primer Encuentro Conjunto se celebró en Oaxaca en julio de 2009 y la serie continuará cada tres años a partir de 2014, año en el que está prevista la tercera edición en México. El comité organizador está presidido por Daniel Girela, e integrado por José Luis Flores, Cristóbal González, Francisco Javier Martín Reyes, María Lina Martínez, Francisco José Palma, José Ángel Peláez y Mercedes Siles. El comité científico está coordinado por Aniceto Murillo, e integrado por Onésimo Hernández- Lerma, José Antonio de la Peña, Alberto Elduque, Gabor Lugosi, Ernesto Lupercio, Isidoro Gitler, Luis Narváez y Antonio Campillo.
El programa científico consta de veinticuatro sesiones especiales, ocho conferencias plenarias y la conferencia de clausura del profesor Federico Mayor Zaragoza con el título preciso “La comunidad científica ante los desafíos presentes”. Como en la primera edición, el congreso ha programado alrededor de doscientas conferencias invitadas, la mitad de las cuales corresponden a la parte mexicana y la otra mitad a la española.
